Pentadbiran St. John's Institution

Sekolah ini secara tradisinya diketuai oleh Brother dari The La Sallian Order, dengan Brother Director (seperti pengetua) dan Brother Supervisor (seperti penolong pengetua). Jawatan , Brother Supervisor telah digantikan dengan dua orang penolong kanan yang bukan dari The La Sallian Order sejajar dengan dasar Kementerian Pendidikan Malaysia.

Senarai Brother Director yang terdahulu;

NamaMula BerkhidmatTamat BerkhidmatUlasan
Bro. Julian Francis1904
Bro. James Gilbert19041910
Bro. Adrian19111913
Bro. Marcian Cullen19141915
Bro. Claude Marie Guibert19161922Memperkenalkan Hari Sukan pada 1921
Bro. Barnitus19221923
Bro. Stephen Edward Buckley19231924Membina Brothers' Quarters
Bro. Louis19251930Menaikkan tugu Jean Baptist de la Salle
Bro. Cornelius Nulty19301946Brother Director paling lama berkhidmat, membina dewan sekolah pada tahun 1936
Bro. Amor Matthias19461948
Bro. Dositheus Joseph Brophy19481954
Bro. Tiberius Lawrence Spitzig19551961Menggubah lagu sekolah dan memperkenalkan banyak pembaharuan sepanjang dua penggal tempoh perkhidmatan.
Bro. Celestine1958
Bro. Ignatius1962
Bro. Joseph McNally19631967Seorang ahli seni, pengarca dan pengukir tersohor yang telah mereka cipta lambang sekolah yang digunakan hingga kini dan memperkenalkan banyak lagi ukiran dan mural pada sekolah. Blok Seni (blok tingkatan lima) telah dibina pada tahun 1965 di bawah pentadbirannya. Sebahagian hasil kerjanya masih ada sehingga ke hari ini. Beliau telah meneruskan khidmatnya dengan mengasaskan Kolej Seni La Salle (La Salle College of Arts) di Singapura pada tahun 1984.
Bro. Basilian Wong19671968
Bro. Joseph Yeoh19691978Memperkenalkan Hari Penghargaan pada tahun 1972.
Bro. Tiberius Lawrence Spitzig19791983Menggubah lagu sekolah dan memperkenalkan banyak pembaharuan di sepanjang tempoh dua penggal perkhidmatan.
Bro. Cassian Pappu19831988Membina blok tingkatan enam yang dinamakan Bangunan Tan Sri Dominic Vendargon.
Bro. Michael Wong19892002Brother Director yang terakhir.

Sejak Julai 2002, selepas bersaranya Brother Micheal Wong, St. John telah ditadbir oleh Encik Peter Yii Sing Chiu, pengetua bukan mubaligh pertama sekolah, menamatkan 98 tahun pentadbiran Brothers.

Mantan Pengetua termasuklah :

Nama PengetuaMula BerkhidmatTamat BerkhidmatUlasan
Peter Yii Sing Chiu20022009
Leong Kum Loy20102010
Lim Hean Hwa20102014Second Johannian to lead St. John's after his own principal, Rev. Bro. Joseph Yeoh. He was a student from 1961 - 1973
Dr. M. Puvanendran20142016

Brother yang telah berkhidmat sebagai guru besar sekolah rendah semenjak ia berpisah dengan sekolah menengah termasuklah Brother Patrick Arokiasamy, Brother Alban Tang dan Brother Matthew Liew.